[scikit-learn] How can i write the birch prediction results to the file

Sema Atasever s.atasever at gmail.com
Mon Aug 21 10:11:25 EDT 2017


Dear scikit-learn developers,

I have a text file where the columns represent the 22 features and the rows
represent the amino asid . (you can see in the attachment)


I want to apply hierarchical clustering to this database usign
*sklearn.cluster.Birch
algorithm.*

There are too many prediction results and it is not possible to see them on
the screen.
How can i write the birch prediction results to the file?

I would appreciate if you could advise on some methods.
Thanks.

*Birch Codes:*
from sklearn.cluster import Birch
import numpy as np

X=np.loadtxt(open("C:\class1.txt", "rb"), delimiter=";")

brc = Birch(branching_factor=50, n_clusters=None,
threshold=0.5,compute_labels=True,copy=True)

brc.fit(X)

centroids = brc.subcluster_centers_

labels = brc.subcluster_labels_
n_clusters = np.unique(labels).size
brc.predict(X)

print("\n brc.predict(X)")
print(brc.predict(X))
-------------- next part --------------
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-------------- next part --------------
0.1877;0.386705;0.242412;0.175513;0.109395;0.5;0;0.244492;0.25402;0.501485;0.08978;0.30011;0.610105;0.399205;0.20793;0.392865;0.183304;0.450634;0.181905;0.119275;0.441045;0.15519
0.175513;0.395115;0.244492;0.25402;0.20793;0.5;0;0.183304;0.450634;0.36606;0.085465;0.30111;0.61342;0.39889;0.181905;0.419205;0.196001;0.284247;0.15519;0.116745;0.508985;0.120175
0.096681;0.508985;0.231754;0.22298;0.122875;0.982014;0;0.239757;0.362949;0.397294;0.14375;0.30115;0.5551;0.5607;0.1547;0.2846;0.238086;0.365937;0.155065;0.112465;0.58629;0.114685
0.22298;0.54238;0.239757;0.362949;0.1547;0.5;0.976014;0.238086;0.365937;0.395978;0.11412;0.302565;0.58332;0.591975;0.155065;0.25296;0.234884;0.292462;0.114685;0.08463;0.46578;0.03225
0.362949;0.5607;0.238086;0.365937;0.155065;0.952574;0;0.234884;0.292462;0.472657;0.112465;0.262565;0.624975;0.58629;0.114685;0.29903;0.185031;0.109242;0.03225;0.061355;0.30821;0.01616
0.362957;0.305915;0.101388;0.502346;0.193875;0.5;0;0.092671;0.540357;0.36697;0.042315;0.565685;0.391995;0.23211;0.203875;0.564015;0.075362;0.544133;0.20143;0.039395;0.177705;0.17322
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0.235259;0.30101;0.114724;0.370166;0.17405;0.982014;0;0.11486;0.25665;0.628491;0.006885;0.096835;0.89629;0.33127;0.151235;0.51749;0.103503;0.216193;0.07958;0.01084;0.37686;0.02358
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