[Python-es] Estancado en el cálculo del momento hidrófobico de una proteína

[Ricardo Azpeitia Pimentel]

Dejo un PDF es el típico post. Ayuda haganlo por mi o como se hace envíen
códigos.
On Mar 11, 2014 7:02 AM, "Hernán Foffani" <hfoffani en gmail.com> wrote:

>
> > Hola!
> >
> > Tengo que hacer un mini proyecto escrito en python y la verdad que no sé
> ni como empezar. El proyecto consiste en en calcular el momento hidrofóbico
> de una proteína, que puede ser por regiones (por estructura secundaria o
> por ventanas de n-residuos). Una vez calculado, se podría mirar si existe
> una relacion entre el lugar de unión a otras proteínas y su momento
> hidrofóbico en esa región (adjunto un artículo que explica mejor en que
> consiste el momento hidrofóbico).
> >
> > Entiendo que lo que debemos hacer es que a partir de un archivo pdb,
> mirar la estructura primaria i secundaria (dependiendo de si es hélice o
> lámina) i combinar ambos datos para ver que región de la proteína tendra
> una parte hidrofóbica. El artículo adjuntado da un numero conscenso de las
> hidrofobicidades de cada aminoácido.
> >
> > La verdad es que no sé como realizar esto mediante un script de
> python... Espero que me puedan ayudar.
> > Muchísimas gracias por su atención!
> >
>
> No das muchos datos la verdad, jeje...
> Intuyendo un poco:
> Imagino que por archivo PDB te refieres al Protein Data Bank file format.
> Si es así, BioPython tiene unas clases que hacen parsing de ese formato lo
> que te puede servir de ayuda. En cualquier caso por lo que veo el formato
> tampoco es complicado: son registros ASCII de ancho fijo, al igual que las
> columnas.
> Leyendo el adjunto que enviaste, parece muy bonito aunque me falta algún
> conocimiento para entenderlo del todo (vamos, Biología I, II, III,
> Bioquímica I, II, III jeje). Las fórmulas sí se entienden. Así a ciegas,
> calcular el momento parece sencillo si tienes todos los datos de entrada.
> En python la fórmula 1 la implementas con dos bucles.
>
> El problema se complica mas si quieres hacer predicciones o
> clasificaciones. La [1] devuelve un vector y eso es mas difícil de modelar.
> Si esas moléculas (o lo que sean) son todas periódicas usa la fórmula [2].
> Ahí, si no me equivoco mu ¿es un escalar no?.
>
> Una vez que tienes los datos en una tabla (los de entrada + el momento
> calculado) puedes hacer los análisis que quieras usando los paquete
> estándar de Python para data analysis.
>
> -H.
>
>
>
> _______________________________________________
> Python-es mailing list
> Python-es en python.org
> https://mail.python.org/mailman/listinfo/python-es
> FAQ: http://python-es-faq.wikidot.com/
>
------------ próxima parte ------------
Se ha borrado un adjunto en formato HTML...
URL: <http://mail.python.org/pipermail/python-es/attachments/20140311/ed6240f7/attachment.html>